不僅是營養價值的降低，植物工廠裡的作物，也將因為這些差異，改變了原本植物體內的各種化合物形成的機制，帶來不可知的風險。換言之，植物工廠可以種出「看起來」一樣的蔬菜，甚至更符合人類定義下「美」的蔬果，但是，這些蔬果與大自然孕育下的蔬果，完全是兩種「本質」不同的存在物。它們的成長的機轉、組成的成分，是不同的兩回事。
重點是，這些植物工廠栽種的蔬果，對人體有害嗎（在環境上耗能就不用說了）？業者或科學家會說：「沒有足夠資料證明對人體有害」。是的，從實證科學的角度，沒有足夠證據確實不能說它對人體有害，但是，作為「食物」，豈能把「無法證明對人體有害」＝「安全」？換言之，把這種東西推向市場，不就等於是要消費者當白老鼠，幫科學累積人體實驗的data？
回想數十年前人類發明反式脂肪的歷史，不也是如此，經過來幾十年消費者的人體實驗，終於發現對人體有害，結果，消費者失去了健康，食品業者卻荷包滿滿，一點責任都沒有。
原來，「市場」是食品科學研發新食物的最佳人體實驗場所。
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